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某些植物的根与土壤中的真菌结合在一起，所形成的一种真菌与根的共生结合体。根据形态学和解剖学的特征，可区分为外生菌根和内生菌根。外生菌根（ectomgcorrhiza）中的真菌菌丝体紧密地包围植物幼嫩的根，形成菌套。有的还向周围土壤伸出一些菌丝，但菌丝很少穿入根组织的细胞内部。菌丝在根的外皮层细胞间隙中蔓延，形成网状菌丝体。一方面代替根毛的作用，吸收水分和养料；另一方面，菌根菌分泌维生素等，可刺激植物生长。形成外生菌根的真菌，主要是担子菌的鹅膏属（Amanita）、牛肝菌属（Boletus）和口蘑属（Tricholoma）中的一些种类，形成外生菌根的植物主要是森林树种，如松柏类、山毛榉和栎等。内生菌根（endomycorrniza）中的真菌菌丝体主要存在于根的皮层薄壁细胞之间，并进入细胞内部，而在根外较少，不形成菌套。具有内生菌根的植物，一般都保留着根毛。其中的真菌也多是担子菌的一些种类。在共生联合体内，菌根菌与植物有着非常密切的关系。如兰科植物的种子没有菌根菌共生就不能萌发；杜鹃花科植物的幼苗，没有菌根菌共生就不能生长。
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